中藥中黃酮類化合物種類多，由于其結構和狀態的不同使得溶解度存在著很大的差異。游離的苷元難溶或不溶于水，而易溶于甲醇、乙醇、乙酸乙酯、乙醚等有機溶劑或稀堿溶液，其中有些平面型分子，如黃酮、黃酮醇、查耳酮等，分子間排列緊密，引力較大，難溶于水；而非平面型分子，如二氫衍生物，其分子間排列較松弛，引力降低，有利于水分子的進入，較易溶于水。

　　黃酮類化合物中引入的羥基越多，在水中溶解度也越大。羥基經甲基化或乙?；?，增加了在有機溶劑中的溶解度。黃酮類化合物成苷后，在有機溶劑中的溶解度減小，相應地在水中的溶解度就增加，且糖鏈越長，水溶度越大。另外，糖的結合位置不同，對苷在水中的溶解度也有一定的影響，以棉黃素( gossipetin)為例，其3-0-葡萄糖苷的水溶度大于7-0-葡萄糖苷。

　　中藥植物中常含有水解苷的水解酶，因此在提取黃酮類化合物時一定要先使酶失活。使酶失活的方法有許多種，如用沸水或大于70%的乙醇來提取，提取時加入石灰等。

　　關于黃酮類化合物的提取方法，近幾年發展很快，也提出了不少新的思想，如超濾法、超聲波法、超臨界C02萃取法等。